VI. Utilisation des lichens
1. Indicateurs de la pollution atmosphérique
De par leur grande longévité, leurs caractéristiques anatomiques et physiologiques (absence de cuticule, absence de système racinaire, absence de système excréteur, métabolites secondaires aux propriétés chélatantes…) et leur activité biologique quasi annuelle, les lichens présentent une forte sensibilité vis-à-vis de l’atmosphère. Ainsi, la diversité lichénique des zones polluées est fortement diminuée, dont les premières observations ont été effectuée par Nylander en 1866. De là est née la biosurveillance qui utilise les organismes biologiques pour évaluer l’altération du milieu environnant. Au sein de cette discipline, plusieurs approches de diagnostic environnemental sont distinguées :
- la biointégration : observation de changements structurels au niveau population/communauté en réponse à un stress environnemental sur la durée ; la biointégration peut être considérée comme de la bioindication à un niveau supérieur (il y a en effet souvent confusion entre ces deux termes),
- la bioindication : observation des réponses biologiques (morphologique, physiologique, tissulaire…) d’un organisme vivant (i.e. au niveau individuel) exposé à un contaminant,
- le biomarquage : utilisation de marqueurs aux niveaux de la biologie structurelle ou fonctionnelle (enzyme, physiologie, génétique…) indiquant une influence du milieu environnant sur les fonctions biologiques,
- la bioaccumulation : outre le mécanisme naturel par lequel une substance présente dans l’environnement s’accumule dans l’organisme (à ne pas confondre avec la bioamplification qui correspond à la concentration de ces substances d’un niveau trophique à l’autre), cette technique vise à déterminer les teneurs en éléments chimiques accumulés depuis l’environnement.

La sensibilité face aux polluants atmosphériques est fortement dépendante des espèces considérées. Il est donc indispensable de connaître la sensibilité de chaque espèce face à un polluant pour l’intégrer dans une échelle de biosurveillance. La biointégration différencie deux types d’approches : les méthodes qualitatives déterminant le degré de pollution à partir d’observations de terrain ou par une échelle de correspondance entre la flore lichénique et le taux de pollution, et les méthodes quantitatives calculant un indice de pollution à partir des espèces lichéniques sans critère de pollution.
2. Autres utilisations
Hormis l’utilisation d’indication de la pollution atmosphérique, les lichens sont consommés par certaines populations humaines (Lapons, Canadiens ou Japonais) sous forme de farine dans la plupart des cas, malgré une palatabilité limitée. Plusieurs espèces de lichens foliacés et fruticuleux sont connues pour cette utilisation, libérant le glucose lors de la digestion de la lichénine : Cetraria islandica, Bryoria fuscescens ou Umbilicaria muhlenbergii. Durant la Seconde Guerre Mondiale, une manufacture de l’ex-URSS extrayait le glucose des lichens. Depuis des siècles, la théorie des signatures donne une fonction médicinale à certains végétaux à partir de leur structure. Ainsi, Lobaria pulmonaria était prescrit pour des affections liées à la respiration (toux, douleurs à la poitrine…), Parmelia sulcata contre les maux de tête et Usnea plicata contre l’épilepsie. Comme de nombreux végétaux, les lichens présentent en effet des molécules intéressantes à commencer par les antibiotiques. Cependant, les concentrations sont bien trop souvent insuffisantes. 
 
Depuis longtemps, certaines espèces de lichens étaient utilisées dans la parfumerie : des échantillons de Pseudevernia furfuraceae sont retrouvés dans les tombeaux égyptiens comme baume. Cette même espèce, ainsi que Evernia prunastri, sont encore aujourd’hui utilisées dans la fabrication de parfums et de savons. Ils entrent dans certaines compositions : ambre, chypre, genêt ou eau de lavande. Bon nombre d’espèces lichéniques produisent une teinte, soit par simple ébullition (jaune, vert, brun), soit par macération dans l’azote (rouge-violet), les rendant intéressants dans de nombreux domaines. 
 
Enfin, les lichens crustacés (comme Rhizocarpon geographicum) peuvent être utilisés en paléoclimatologie : la datation des plus vieux lichens sur les roches en milieu montagnard (datation de la colonisation de la roche) permet de définir l’âge du retrait d’un glacier.